Бывший специальный агент Фокс Малдер вынужден покинуть Дану Скалли дабы не подвергать опаности как её саму, так и их сына Уильяма. Новой напарницей Джона Доггета в проекте Секретные материалы назначается Моника Рейс. За сыном Скалли и Малдера охотятся суперсолдаты – плод нового сверхсекретного проекта по созданию гибрида человека и пришельца. В конце-концов Скалли приходится отдать сына в анонимную семью, дабы сохранить его жизнь в безопасности. Пробывший год в изгнании Малдер возвращается, чтобы постичь Истину.
9x01: День прошел без событий / Nothing Important Happened Today 9x02: День прошел без событий II / Nothing Important Happened Today II 9x03: Одержимый дьяволом / Daemonicus 9x04: Адская связь / Hellbound 9x05: 4-D / 4-D 9x06: Повелитель мух / Lord of the Flies 9x07: Джон Доу / John Doe 9x08: Никому не верь / Trust No 1 9x09: Изнанка / Underneath 9x10: Источник / Provenance 9x11: Происхождение / Providence 9x12: Жуткие монстры / Scary Monsters 9x13: Одри Поли / Audrey Pauley 9x14: Невероятный / Improbable 9x15: Прыжок Акулы / Jump the Shark 9x16: Освобождение / Release 9x17: Уильям / William 9x18: Солнечные дни / Sunshine Days 9x19: Истина / The Truth
